Taman Nasional Kepulauan Togean merupakan kepulauan yang terletak dalam zona transisi garis Wallace dan Weber dan merupakan gugusan pulau-pulau kecil yang melintang di tengah Teluk Tomini. Kawasan Taman Nasional Kepulauan Togean (TNKT) terletak pada koordinat 00007’43” – 00065’06” LS dan 121051’63’’ - 122044’00” BT, memanjang sekitar 102,7 km. Secara administratif, kawasan TNKT terletak di Kabupaten Tojo Una-Una, Provinsi Sulawesi Tengah.

Berdasarkan Surat Keputusan Menteri Kehutanan Nomor: SK.418/Menhut-II/2004, luas penunjukkan kawasan Taman Nasional Kepulauan Togean adalah ± 362.605 Ha yang terdiri kawasan darat seluas 25.832 ha dan kawasan perairan laut seluas ± 336.773 Ha.

Dalam perkembangannya, luas kawasan TNKT mengalami perubahan.Berdasarkan SK 869/Menhut-II/2014 tentang Kawasan Hutan dan Konservasi Perairan Propinsi Sulawesi Tengah bahwa kawasan hutan dan konservasi perairan propinsi Sulawesi Tengah memiliki luas ± 4.274.687 ha. Untuk kawasan TNKT sesuai dengan peta Lampiran SK tersebut, serta berdasarkan analisa SHP diketahui bahwa luas kawasan TNKT seluas ± 365.241,08 ha yang terdiri dari kawasan darat seluas ± 25.121,72 ha dan perairan laut seluas ± 340.119,36 ha.Hal ini diperkuat oleh Surat Kepala BPKH XVI Palu Nomor.S.13/BPKH/ISDHL/SDH.0/1/2016 perihal data kawasan hutan Taman Nasional Kepulauan Togean.

Jika dibandingkan dengan SK Menteri Kehutanan Nomor SK.418/Menhut-II/2004, terjadi perubahan luas kawasan, dimana luas kawasan darat berkurang seluas ± 710 ha sedangkan kawasan perairan laut bertambah seluas ± 3.346 Ha.

Batas wilayah kawasan Taman Nasional Kepulauan Togean adalah sebagai berikut : 

a)        Sebelah Utara          : Provinsi Gorontalo dan Teluk Tomini.

b)        Sebelah Timur          : Laut Maluku.

c)        Sebelah Selatan       : Lautan dalam dan daratan pulau Sulawesi.

d)        Sebelah Barat          : Teluk Tomini dan lautan dalam.