Sebagaimana tertuang dalam PermenLHK No. 35/2016 tentang Tata Cara Penyusunan Rencana Pengelolaan pada Kawasan Suaka Alam Dan Kawasan Pelestarian Alam, nilai penting kawasan atau Fitur Kunci adalah keanekaragaman hayati; atau ekosistem; atau geomorfologi; atau bentang alam; budaya; atau situs pra sejarah yang menjadi ciri khas dan prioritas pengelolaan pada unit KSA/KPA. Adapun yang menjadi nilai penting kawasan Taman Nasional Kepulauan Togean yaitu antara lain :

1. Coral Triangle

Kepulauan Togean merupakan salah satu bagian ekosistem terumbu karang penting dari “segitiga terumbu karang(coral triangle)” yang merupakan area-area yang memiliki keragaman karang tertinggi di dunia.Coral triangle ini meliputi wilayah Indonesia, Philipina, Malaysia, Papua Nugini, hingga Kepulauan Microneasia.Dalam dokumen Marine RAP (2001) dinyatakan bahwa Togean merupakan “the heart of coral triangle”.

Dari hasil Marine Rapid Assessment Program (MRAP) di kepulauan togean, yang dilakukan oleh CII bekerjasama dengan Lembaga Oceanografi LIPI dan Universitas Hasanuddin tahun 1998 setidaknya ditemukan 262 jenis terumbu karang yang masuk ke dalam 19 famili pada 25 titik, dan satu jenis karang endemik, yaitu Acropora togeanensis yang ditemukan pada 11 titik. Dari 91 jenis Acroporayang terdapat di Indonesia, 78 jenis diantaranya terdapat di Kepulauan Togean.

Berdasarkan hasil monitoring tahun 2015, diketahui bahwa tutupan karang berkisar antara  23,32 % - 59,0 %. Dari data di atas secara umum menunjukkan bahwa tutupan karang di kawasan Taman Nasional Kepulauan Togean tergolong sedang.

Sementara itu biota laut yang ditemukan dalam kawasan perairan dari hasil MRAP tersebut yaitu antara lain 596 jenis ikan diantaranya endemik (Paracheilinus togeanensis dan Ecsenius sp.), 555 moluska serta jenis langka lainnya seperti Kima raksasa (Tridacna gigas), Kima sisik (Tridacna squamosa), Penyu hijau (Chelonia mydas), Penyu sisik (Eretmochelys imbricata), Lola (Trochus niloticus), Dugong (Dugong dugong), dan Paus pilot.

2. Habitat bagi Satwa Endemik

Kepulauan Togean juga menjadi habitat bagi satwa endemik seperti monyet togean dan babirusa.Monyet togean yang menjadi salah satu ikon satwa di Kepulauan Togean hanya ditemukan di Pulau Malenge (SPTN Wilayah III).Hasil kegiatan monitoring populasi macaca tahun 2016 menunjukkan jumlah populasi macaca sebesar 183 individu.Data perbandingan populasi macaca tahun 2010 s/d tahun 2016 tersaji dalam Tabel 1.7.

Tabel 1.7.Perbandingan populasi macaca tahun 2010 sampai tahun 2016

Sumber : Laporan Kegaiatan Monitoring macaca togean (2016)

Sementara itu, babirusa togean (Babyrousa babyrussa togeanensis) merupakan satwa khas dan endemik di Kepulauan Togean yang masuk dalam daftar 25 jenis satwa terancam punah prioritas (sesuai The IUCN Red List of Threatened Species).Populasi babirusa berdasarkan hasil identifikasi dan monitoring terdapat di hutan sekitar desa Taningkola (P. Batudaka) dan hutan sekitar Langger dan Benteng (P. Togean).Berdasarkan hasil monitoring, diketahui dugaan total populasi babirusa di Pulau Batudaka, yaitu kawasan hutan di sekitar Desa Taningkola dan Wakai Tua adalah 424 individu.

Biota darat lainnya yang ditemukan dan menjadi dasar pertimbangan penunjukkan Taman Nasional Kep. Togean yaitu antara lain :Biawak togean (Varanus salvator togeanesis), dan jenis langka seperti Kuskus beruang (Phalanger ursinus), Tarsius (Tarsius spectrum), Babi rusa (Babyrousa babirussa), Ketam kenari (Birgus latro), 97 jenis burung, 363 jenis flora antara lain Meranti (Shorea sp.), Kayu besi (Intsia bijuga), Palapi (Heritiera sp.), 33 jenis tumbuhan mangrove, serta berbagai jenis amphibia dan reptilia.

3. Destinasi Wisata Nasional Propinsi Sulawesi Tengah

Berdasarkan Peraturan Gubernur Sulawesi Tengah Nomor: 35 Tahun 2016 tentang Penetapan Destinasi Wisata Priorotas Sulawesi Tengah, Taman Nasional Kepulauan Togean merupakan salah satu prioritas Pemprov Sulawesi Tengah untuk dibenahi dan dikembangkan yang akan menjadi daya tarik objek wisata bagi provinsi tersebut.Destinasi wisata lainnya yaitu meliputi wisata cagar budaya megalitikum di Lembah Besoa dan Megalitikum di Lembah Bada, Kabupaten Poso, Danau Lindu dan wisata paralayang di Matantimali Kabupaten Sigi.