Secara ekologi, lamun mempunyai beberapa fungsi penting di Kepulauan Togean, karena merupakan sumber produktivitas primer di perairan dangkal dan merupakan sumber makanan penting bagi banyak organisme (dalam bentuk detritus).Lamun berfungsi menstabilkan dasar-dasar lunak kebanyakan spesies tumbuh, terutama dengan sistem akar yang padat dan saling menyilang.Lamun merupakan salah satu komunitas di perairan yang umumnya hanya mempunyai satu atau beberapa spesies dominan dan strukturnya tampak sederhana serta homogen.

Tumbuhan penyusun padang lamun di Perairan Taman Nasional Kepulauan Togean berdasarkan hasil pengumpulan data oleh tim pemetaan MCRMP (2004) yakni berjumlah tujuh spesies, yang terdiri atas Cymodocea rortundata, C. serulata, Enhalus acroides, Thalassia hemprichii,Halodule uninervis, Halophila ovalis dan Syringodium isotifolium. Di setiap lokasi pengamatan dijumpai karakteristik tumbuhan yang berbeda-beda.Thalassia hemprichii dan Enhalus acroides hampir ditemukan di semua kawasan Taman nasional Kepulauan Togean.