Kawasan TNKT memiliki keanekaragaman jenis dan ekosistem perairan laut dangkal yang unik dan khas serta fenomena alam yang indah yang merupakan bagian dari coral triangle. Ekosistem tersebut hadir dalam bentuk ekosistem pulau-pulau kecil dan perairan laut dangkal yang tersusun dari 4 (empat) ekosistem, yaitu ekosistem hutan topis dataran rendah, terumbu karang, padang lamun dan mangrove. 

Disamping sebagai bagian dari the coral triangle, kawasan TN Kepulauan Togean juga terletak pada garis Wallace dan Weber yang membagi wilayah sebaran flora fauna berdasarkan perbedaan cirinya Di wilayah daratan kawasan TN Kepulauan Togean, setidaknya tercatat berbagai jenis biota darat yang dilindungi dan endemik seperti Rusa (Cervus timorensis), Monyet togean (Macaca togeanus), Biawak togean (Varanus salvator togeanesis), dan jenis langka seperti Kuskus beruang (Phalanger ursinus), Tarsius Togean (Tarsius niemetzi), Babirusa Togean (Babyrousa togeanensis), Ketam kenari (Birgus latro), 97 jenis burung, 363 jenis flora antara lain Meranti (Shorea sp.), Kayu besi (Intsia bijuga), Palapi (Heritiera sp.), 33 jenis tumbuhan mangrove, berbagai jenis amphibia dan reptilia.