Berdasarkan beberapa dokumen yang dihimpun oleh Balai TNKT, proses penunjukan TNKT dimulai pada tahun 1989 dimana saat itu Gubernur Sulawesi Tengah merekomendasikan kepada Menteri Kehutanan agar wilayah Kepulauan Togean seluas 100.000 hektar ditunjuk sebagai Taman Wisata Laut. Selama selang waktu 1989 hingga 2004 status kawasan Kepulauan Togean telah berubah menjadi Taman Wisata Alam, Kawasan daya tarik wisata dan Kawasan Ekowisata Bahari.

Pada Tahun 2004 dibentuklah tim terpadu yang dibentuk oleh Kementerian Kehutanan yang melibatkan beberapa instansi, yaitu LIPI, Balitbanghut, Baplan Kehutanan, Dirjen PHKA, KemenLH, Biro hukum dan Setjen Kemenhut, BKSDA Sulteng, Dishut Provinsi Sulteng, Pemda Kabupaten Tojo Una-Una dan Conservation Internasional Indonesia (CII) untuk melakukan kajian usulan perubahan fungsi kawasan Kepulauan Togean menjadi Taman Wisata Laut. Tim terpadu melaksanakan kajian berdasarkan SPT Badan Planologi Kehutanan No.PT.595/VII-PW/2004 tanggal 22 September 2004.Kajian dilakukan dengan metode desk study dan field study serta tatap muka dengan tokoh masyarakat sekitar. Berdasarkan hasil kajian tim terpadu dikeluarkan rekomendasi dimana usulan status TWL untuk kepulauan Togean seluas 411.373 Ha sebagaimana diusulkan Gubernur Sulawesi Tengah dalam surat No.556.1/38/Dishut-G.ST tanggal 21 Febuari 2004, perlu ditingkatkan menjadi Taman Nasional Kepulauan Togean.

Berdasarkan rekomendasi tim terpadu, maka Menteri Kehutanan saat itu mengeluarkan Surat Keputusan Menteri Kehutanan Nomor: SK.418/Menhut-II/2004 tentang “Perubahan fungsi kawasan hutan dan penunjukan kawasan perairan seluas ± 362.605 Ha, terdiri dari hutan lindung seluas ± 10.659 Ha, hutan produksi terbatas seluas ± 193 Ha, hutan produksi tetap seluas ± 11.759 Ha, hutan produksi yang dapat dikonversi seluas ± 3.221 Ha dan perairan laut seluas ± 336.773 Ha yang terletak di Kabupaten Tojo Una-una, Provinsi Sulawesi Tengah menjadi Taman Nasional Kepulauan Togean”. Balai Taman Nasional Kepulauan Togean (BTNKT) baru terbentuk pada tahun 2007 atas dasar usulan Bupati Tojo Una-Una melalui Surat No. 188.342/10/2006 tentang rekomendasi keberadaan Balai Taman Nasional Kepulauan Togean sebagai unit organisasi untuk mengelola kawasan TNKT. Sebelum kawasan Kepulauan Togean ini ditunjuk sebagai taman nasional,masyarakat setempat telah ada yang bermukim di dalam dan sekitar kawasan. Pemukimannya tersebar di sepanjang pesisir dan pulau-pulau di Kepulauan Togean. Masyarakat tersebut memiliki nilai sistem sosial dan kearifan budayayang beragam dan khas karena beragamnya suku yang mendiami Kepulauan Togean. Selain itu, tingkat ketergantungan masyarakat di Kepulauan Togean dalam memanfaatkan sumber daya alamhayati dan ekosistem kawasan cukup tinggi untuk memenuhi kebutuhan hidupnya.

Seiring dengan usulan perubahan tata ruang kehutanan di Provinsi Sulteng, peta Taman Nasional Kepulauan Togean sedikit mengalami perubahan berdasarkan SK Menhut No.869/Menhut-II/2014. Luas keseluruhan kawasan Taman Nasional Kepulauan Togean (TNKT) menjadi 365.240 Ha dengan luas kawasan daratan kurang lebih 25.121 Ha dan luas kawasan perairan 340.119 Ha