Dalam rangka mewujudkan visi dan misi yang telah ditetapkan, maka tujuan strategis pengelolaan Taman Nasional Kepulauan antara lain :

1. Memantapkan keberadaan Taman Nasional Kepulauan Togean melalui legalitas dan legitimasi kawasan.
2. Menetapkan zonasi kawasan Taman Nasional Kepulauan Togean dengan mempertimbangkan aspek ekologi, ekonomi dan sosial budaya serta mensosialisasikannya kepada seluruh pihak.
3. Menjaga kelestarian ekosistem, flora dan fauna yang khas dan endemik serta melakukan pengamanan kawasan, baik di daratan maupun di perairan laut dari kegiatan eksploitasi sumber daya alam yang tidak ramah lingkungan.
4. Mengembangkan pemanfaatan jasa lingkungan dan pariwisata alam yang berwawasan lingkungan.
5. Membangun pengelolaan bersama (collaborative management) dengan para pihak yang kepentingan sesuai dengan porsi dan kapasitasnya masing-masing.
6. Memberdayakan masyarakat sekitar kawasan melalui pelibatan dalam upaya pegamanan kawasan serta membentuk dan membina para kader konservasi di Taman Nasioal Kepulauan Togean.
7. Membangun Model Desa Konservasi (MDK) guna menciptakan mata pencaharian alternatif bagi masyarakat di dalam dan atau sekitar kawasan, sekaligussebagai upaya mengurangi tekanan terhadap kawasan. 
8. Mendorong berkembangnya penelitian, pengkajian dan inovasi dalam upaya pembinaan habitat flora dan fauna di Taman Nasional Kepulauan Togean.
9. Membangun sistem data potensi kawasan Taman Nasional Kepulauan Togean yang berbasis website.