Kawasan taman nasional adalah kawasan pelestarian alam yang mempunyai ekosistem asli, dikelola dengan sistem zonasi yang dimanfaatkan untuk tujuan penelitian, ilmu pengetahuan, pendidikan, menunjang budidaya, pariwisata, dan rekreasi alam. Dengan melihat potensi sumberdaya alam kawasan TNKT, maka kegiatan pemanfaatannya yang direncanakan dalam periode pengelolaan ini antara lain:

1. Pemanfaatan untuk Penelitian, Ilmu Pengetahuan dan Pendidikan

Dalam pemanfaatan potensi sumber daya alam untuk penelitian dan ilmu pengetahuan dan pendidikan ini dapat dilakukan kegiatan penelitian dasar dan penelitian terapan untuk kepentingan pengelolaan dan budidaya.Untuk mendukung kegiatan ini maka perlu dilakukan kerjasama dengan lembaga ilmu pengetahuan seperti Perguruan Tinggi (PT), Lembaga Ilmu Pengetahuan Indonesia (LIPI) ataupun dengan Balai Penelitian Kehutanan (BPK) Manado. Kerjasama dengan LIPI atau dengan PT diarahkan untuk kegiatan penelitian dasar, sementara kerja sama dengan BPK diarahkan untuk penelitian terapan bagi kepentingan pengelolaan kawasan.

Berkaitan dengan hal tersebut, maka kegiatan pertama yang harus dilakukan adalah penyusunan rencana dan skala prioritas program penelitian dan pengembangan.Hal ini diperlukan agar kegiatan penelitian dan pengembangan dilaksanakan lebih terarah dan memberikan nilai guna yang optimal bagi pengelolaan kawasan dan pengembangan ilmu pengetahuan. Sebagai contoh penelitian tentang perilaku dan biologi reproduksi satwa endemik togean, daerah pemijahan ikan di kepulauan togean, identifikasi tempat peneluran penyu, atau penelitian terkait sosial ekonomi masyarakat kepulauan togean seperti kebudayaan Suku Bobongko, dan kehidupan sosial masyarakat Suku Bajo. 

Beberapa kegiatan yang mendukung pemanfaatan untuk penelitian dan ilmu pengetahuan dan pendidikan yang direncanakan antara lain:

1. Identifikasi objek-objek penelitian dan penyusunan rencana penelitian
2. Pengembangan kerjasama dalam program penelitian dan ilmu pengetahuan
3. Kegiatan penelitian dasar dan terapan
4. Desiminasi hasil kegiatan penelitian dan ilmu pengetahuan
5. Identifikasi objek dan lokasi untuk kegiatan pendidikan dankesadaran konservasi

2. Pemanfaatan untuk Rekreasi dan Pariwisata Alam

Potensi lainnya yang terdapat dalam kawasan TNKT yaitu objek daya tarik wisata.Potensi kawasan ini sangat besar karena pariwisata di kepulauan ini memberikan dua keindahan sekaligus, di darat dan laut. Dalam hal pengelolaan wisata, bentuk wisata ekologis (ekowisata) merupakan pilihan yang paling tepat dalam pengelolaan pariwisata di Kepulauan Togean dengan pertimbangan bahwa wisatawan dan pengelola wisata adalah orang-orang yang mengerti dan peduli tehadap lingkungan/ekologi, sehingga pengelolaan pariwisata diharapkan menekankan pada prinsip-prinsip pengembangan ilmu pengetahuan, pendidikan dan pemahaman yang mendukung pelestarian sumberdaya alam yang berkelanjutan.

1. Pembuatan masterplan ekowisata

Seperti telah disebutkan sebelumnya, bahwa bentuk wisata ekologis merupakan pilihan yang paling tepat dalam pengelolaan pariwisata di Kepulauan Togean dan saat ini menjadi kecenderuangan dalam perkembangan wisata global.Ekowisata tidak hanya menjual objek daya tarik wisata namun ada unsur pendidikan konservasi, berwawasan lingkungan, dan pelibatan masyarakat di dalamnya.

2. Publikasi dan promosi wisata Kepulauan Togean

Sampai dengan saat ini, Kepulauan Togean menjadi salah satu destinasi unggulan untuk kegiatan wisata bahari. Namun untuk lebih mengkampanyekan Kepulauan Togean perlu upaya publikasi melalui berbagai media, baik cetak (leaflet, poster, koran, majalah) maupun elektronik (tv, radio, website), bahkan dengan pertemuan-pertemuan seperti seminar atau workshop.

3. Pengelolaan pengunjung

Bentuk kegiatannya antara lain : pengelolaan jumlah pengunjung, pendataan pengunjung, pelayanan dan pendampingan pengunjung. Kegiatan ini dapat bekerjasama dengan Dinas Kebudayaan dan Pariwisata Kabupaten Tojo Una-Una.

4. Pelatihan pengelola dan guide wisatawan,

Kerjasama antara pihak BTNKT dan pengelola kegiatan wisata (pemilik resort, cottage, operator wisata, operator diving) serta guide wisatawan dapat dilakukan melalui kegiatan pelatihan, ataupun sosialisasi perundang-undangan terkait kawasan dan ijin pengusahaan pariwisata alam.

3. Pemanfaatan untuk Menunjang Kegiatan Pertanian

Pemanfaatan kawasan untuk keperluan pertanian di Kepulaun Togean sudah ada sejak lama oleh masyarakat khususnya Suku Bobongko.Jenis tanaman pertanian yang diusahakan oleh masyarakat umumnya adalah tanaman perkebunan yaitu kelapa, cengkeh, cokelat, lada, pala, durian dan sagu. Sistem pertanian yang dilakukan tergolong ekstensif dimana untuk meningkatkan penghasilan dari lahan pertanian dilakukan dengan cara pembukaan areal baru, sedangkan dalam pengolahannya penggunaan bahan kimia untuk pupuk dan pestisida masih tergolong rendah.

 Sebagian besar masyarakat di Kepulauan Togean berusaha di sektor pertanian, akan tetapi batas-batas areal pertanian masyarakat dan batas kawasan taman nasional hingga saat ini tidak jelas dan tidak diketahui sebagian besar masyarakat, hal ini disebabkan penataan batas kawasan hutan yang kemudian dijadikan batas taman nasional belum pernah dilakukan secara menyeluruh dan terkoordinasi dengan baik. Oleh karenanya rencana kegiatan untuk pemanfaatan pertanian adalah sebagai berikut:

1. Penataan zona pemanfaatan darat untuk pertanian
2. Pengaturan pemanfaatan untuk pertanian

4. Pemanfaatan untuk Menunjang Kegiatan Perikanan

Penangkapan ikan dan budidaya kerang mutiara adalah bentuk kegiatan pemanfaatan kawasan perairan di Kepulauan Togean.Kegiatan penangkapan ikan masih dalam skala kecil yang sangat mengandalkan pada unit ekonomi keluarga dan penggunaan peralatan tangkap tradisional, seperti jaring, bubu dan kail.Secara umum, aktivitas pemanfaatan kawasan laut oleh masyarakat yang berada di dalam kawasan Taman Nasional Kepulauan Togean, terbagi menjadi perikanan pelagik dan penangkapan ikan karang.

Penangkapan ikan pelagik dilakukan dengan rompong atau rakit yang diikat jangkar dan diletakkan di laut dalam.Jenis ikan yang menjadi sasaran penangkapan antara lain tuna, lajang (Decapterus macrosoma), dan deho atau cakalang (Gymnosarda unicolor).Penangkapan ikan karang sangat umum dilakukan di Kepulauan Togean.Secara subsisten, nelayan setempat sejak dahulu menggunakan kail untuk menangkap berbagai jenis ikan karang, khususnya kerapu.Penangkapan ikan karang semakin marak dilakukan saat diperkenalkannya perdagangan ikan karang hidup untuk keperluan ekspor. Rencana kegiatan untuk pemanfaatan perikanan adalah sebagai berikut:

1. Penataan zona pemanfaatan perairan
2. Pengaturan pemanfaatan perikanan

Dengan adanya penzonaan tentang pemanfaatan tradisonal di bidang perikanan, maka akan memudahkan bagi nelayan di Kepulauan Togean dalam memanfaatkan sumberdaya ikan baik ikan pelagik maupun ikan karang (demersal). Sedangkan pengaturan pemanfaatan ikan dilakukan sebagai upaya untuk menghindari nelayan menggunakan alat tangkap yang tidak ramah lingkungan seperti pukat harimau/trawl, bahan peledak, atau bius ikan/potassium sianida.