Berbagai survey/inventarisasi potensi SDA baik fisik maupun biologi yang dilakukan oleh lembaga Conservation International Indonesia yang bekerjasama dengan lembaga pendidikan (Universitas Hasanuddin), lembaga riset (LIPI), serta LSM (Yayasan Pijak), telah menghasilkan data dan informasi yang cukup memadai. Berbagai jenis tumbuhan dan satwa serta potensi fisik dan wisata secara kualitatif sebagian telah teridentifikasi. Walaupun data dan informasi yang ada belum menyajikan data secara keseluruhan namun secara bertahap akan terus dilakukan untuk memperkaya data potensi SDA dalam kawasan TNKT. Pengelolaan kawasan TNKT dilakukan dengan pertimbangan pada potensi SDA yang ada serta permasalahan-permasalahan yang ada, sehingga pengelolaan SDA dapat berjalan secara berkelanjutan. Upaya yang perlu direncanakan dalam jangka panjang terkait kegiatan ini, antara lain :

1. Kegiatan inventarisasi ekosistem, populasi, lingkungan baik di wilayah perairan maupun teresterial.

Sistem sumberdaya yang perlu dikelola di dalam kawasan Taman Nasional mencakup sumberdaya jenis, ekosistem dan lingkungan.Sehingga komponen sumberdaya tersebut perlu diketahui sebagai dasar pertimbangan pengelolaan.Ekosistem-ekosistem yang terdapat di Kepulauan Togean secara keseluruhan adalah hutan tropis dataran rendah, mangrove, terumbu karang, dan lamun.Sedangkan komponen jenis sumberdaya cukup beragam mulai dari sumberdaya ikan, penyu, lumba-lumba, moluska, babirusa, monyet togean, burung rangkong, dan lain-lain.Kegiatan ini bertujuan untuk mendata seluruh potensi jenis dan ekosistem yang ada di dalam kawasan Taman Nasional.

2. Monitoring dan evaluasi jenis TSL dan habitat serta potensi fisik

Selain kegiatan inventarisasi, juga dilakukan kegiatan monitoring untuk mengetahui trend  populasi TSL dan atau sebagai informasi up to date dari informasi yang tersedia, dan juga dapat digunakan sebagai bahan pengambilan keputusan. Kegiatan monitoring ini meliputi monitoring potensi biologis kawasan dan potensi fisik kawasan.

3. Kegiatan identifikasi permasalahan

Permasalahan yang dihadapi oleh Balai TNKT dapat menghambat pencapaian target pengelolaan di masa yang akan datang. Oleh karena itu perlu diketahui permasalahan yang ada baik terkait dengan status sumberdaya maupun terkait dengan pola pemanfaatan. Sehingga diharapkan dari kegiatan ini, permasalahan-permasalahan yang timbul akan cepat teratasi dan kegiatan pengelolaan akan berjalan dengan baik.