Upaya perlindungan dan pengamanan kawasan TNKT dilakukan dengan berbagai tingkatan/tahapan, yaitu antara lain tahapan pre-emtif, dan tahap preventif. Sedangkan untuk tahapan represif dapat dilakukan oleh pihak Balai Penegakkan Hukum Lingkungan Hidup dan Kehutanan.

Beberapa bentuk gangguan terhadap kawasan TNKT, antara lain: penangkapan/pengambilan satwa yang dilindungi, illegal fishing, penggunaan alat tangkap yang tidak ramah lingkungan, penebangan liar, pengeboman terumbu karang, pembuangan sampah, dan lain-lain.

Rangkaian kegiatan perlindungan dan pengamanan yang direncanakan selama jangka pengelolaan ini, antara lain:

1. Identifikasi dan pemetaan daerah rawan gangguan

Daerah yang berpotensi terhadap rawan gangguan di dalam kawasan TNKT segera diidentifikasi, dipetakan dan diperbaharui datanya, sehingga dalam rencana pengelolaan jangka panjang ini akan ditindaklanjuti dengan kegiatan pengamanan dan perlindungan kawasan guna mengurangi tingkat kerawanan yang ada. Adapun peta titik kerawanan gangguan dapat dilihat pada Lampiran 6.

2. Operasi perlindungan dan pengamanan kawasan (operasi rutin, operasi fungsional, operasi gabungan dan intelijen)

Beberapa tindakan/kegiatan yang perlu dan senantiasa harus dilakukan adalah kegiatan patroli rutin dan penjagaan kawasan terutama dilakukan pada daerah yang memiliki tingkat kerawanan tinggi.Bentuk kegiatan pengamanan kawasan lainnya dapat berupa sistem operasi fungsional, operasi gabungan dan terpadu (melibatkan pihak TNI, Kepolisiian, Kejaksaan).

3. Sosialisasi peraturan perundang-undangan kepada masyarakat

Tahapan prakondisi lain yang perlu dilaksanakan adalah sosialisasi peraturan perundang-undangan kepada masyarakat di sekitar kawasan. Sasaran utama dalam kegiatan ini masyarakat yang berada dekat atau di sekitar daerah yang memiliki tingkat kerawanan paling tinggi.

4. Pembuatan dan pemasangan papan peringatan dan larangan

Pembuatan papan himbauan dan peringatan dilakukan sebagai upaya penyadartahuan terhadap masyarakat terhadap bahaya yang timbul dan sangsi yang dikenakan jika melakukan perusakan terhadap kawasan.

5. Monitoring dan evaluasi kegiatan perlindungan dan pengamanan kawasan TNKT

Kegiatan perlindungan dan pengamanan kawasan TNKT senantiasa dilakukan upaya monitoring dan evaluasi untuk melihat tingkat efektifitas dari kegiatan perlindungan dan pengamanan tersebut.