Perkembangan terumbu karang di Kepulauan Togean dapat dilihat mengalami pengaruh oseanografi yang lebih kuat di mana terumbu karang terkonsentrasi di sekeliling pulau.Rataan terumbu karang yang terhampar panjangnya hingga mencapai ± 1500 m dari garis pantai hingga tubir terumbu. Terumbu karang memiliki tipe terumbu tepi atau terumbu pantai, dimana karang tumbuh pada kedalaman 1-10 m, selanjutnya merupakan hamparan teras pasir halus yang dihuni oleh organisme penggali pasir (infauna) dan lamun(Sea Grass). Pada keadaan surut terendah, karang-karang di rataan terumbu dan di daerah tubir terekspose di udara dan terkena terikan matahari langsung sehingga menyebabkan sebagian karang mengalami kematian, walaupun sebagian besar dapat beradaptasi dengan kondisi seperti ini.

Kepulauan Togean merupakan salah satu bagian ekosistem terumbu karang penting dari “segitiga terumbu karang(coral triangle)” yang merupakan area-area yang memiliki keragaman karang tertinggi di dunia.Coral triangle ini meliputi wilayah Indonesia, Philipina, Malaysia, Papua Nugini, hingga Kepulauan Microneasia.Dalam dokumen Marine RAP (2001) dinyatakan bahwa Togean merupakan “the heart of coral triangle”.

Tipe Terumbu karang di Kepulauan Togean dibedakan menjadi 4 tipe yaitu karang tepi (fringing reef), karang penghalang (barrier reef), karang tompok (patch reef), dan karang cincin (atol). Keempat tipe karang tersebut dapat dijumpai pada lokasi yang berdekatan satu sama lain. Keempat tipe karang tersebut dapat dijumpai pada lokasi yang berdekatan satu sama lain. Dari hasil Marine Rapid Assessment Program (MRAP) di kepulauan togean, yang dilakukan oleh CII bekerjasama dengan Lembaga Oceanografi LIPI dan Universitas Hasanuddin tahun 1998 setidaknya ditemukan 262 jenis terumbu karang yang masuk ke dalam 19 famili pada 25 titik, dan satu jenis karang endemik, yaitu Acropora togeanensis yang ditemukan pada 11 titik. Dari 91 jenis Acroporayang terdapat di Indonesia, 78 jenis diantaranya terdapat di Kepulauan Togean.Hasil MRAP juga menemukan 6 jenis karang baru di Kepulauan Togean dan Banggai yaitu satu jenis dari genus Acropora, Porites, Leptoseris, Echinophyllia dan 2 jenis dari genus Galaxea.

Hasil kegiatan monitoring terumbu karang yang dilakukan Balai TNKT mulai dari tahun 2010 – 2015 ditunjukkan pada Tabel 1.4.

Tabel 1.4. Trend Tutupan Karang di TNKT Tahun2010-2015

Sumber : Balai Taman Nasional Kepulauan Togean (2016)

Berdasarkan hasil monitoring tahun 2015, diketahui bahwa tutupan karang berkisar antara  23,32 % - 59,0 %. Dari data di atas secara umum menunjukkan bahwa tutupan karang di kawasan Taman Nasional Kepulauan Togean tergolong sedang. Nilai tersebut jika dibandingkan dengan hasil monitoring pada tahun 2014 (19,24 % - 67,51 %), diketahui bahwa pada tutupan karang sudah mulai mengalami peningkatan tutupan karang, akan tetapi pada satu sisi terjadi penurunan. Penurunan kondisi tutupan karang terjadi pada lokasi dimana intensitas pemanfaatan sumberdaya perikanan oleh nelayan sangat tinggi dan rentan penggunaan bom serta pembiusan. Selain itu keberadaan predator alami berupa lipan laut (Acanthaster planci) juga merupakan salah satu faktor kerusakan dan kematian terumbu karang.